Vom 16. Jahrhundert bis zum Ende des zweiten Weltkrieges
Die kirchlichen Auseinandersetzungen des 16. Jahrhunderts führten auch in München dazu, dass kaum neue Stiftungen gegründet wurden. Erst im 17. und 18. Jahrhundert stiftete man wieder. Mit gutem Beispiel gingen die Herzöge Albrecht V., Wilhelm V. und Maximilian I. voran: Fast alle der 21 Münchner Klöster sind wittelsbachische Stiftungen.
Auch der Stadtrat versuchte damals, die seiner Aufsicht anvertrauten Stiftungen zu fördern und zu erhalten. Das war unter den damaligen Kurfürsten allerdings keine leichte Aufgabe. Diese hatten sich angewöhnt, größere staatliche Unternehmungen durch Zwangsdarlehen der Stiftungen zu finanzieren – wie z.B. für die 1680 von Kurfürst Max Emanuel in der Au errichtete Tuchmanufaktur und andere Projekte, zu denen das Heiliggeistspital, das Bruder- und Waisenhaus, die Leprosenhäuser am Gasteig und in Schwabing Gelder beisteuern mussten. Die Stiftungsgelder waren zum Teil 100 Jahre später immer noch nicht zurückbezahlt.
Viele Stiftungen, darunter auch die Heiliggeistspital-Stiftung (historische Ansicht), mussten ihr Geld mittels Zwangsdarlehen in Projekten der Kurfürsten anlegen.
Der schleichende Bankrott in den Staatsfinanzen seit Kurfürst Maximilian I. führte auch dazu, dass generell die staatlichen Kassen oft jahrzehntelang mit ihren Zinszahlungen für die vielen verzinslich bei ihnen angelegten Geldvermögen der Stiftungen im Rückstand blieben.
Gegen Ende des 18. Jahrhunderts wird zum ersten Mal offiziell zwischen kirchlichen und wohltätigen Stiftungen unterschieden. Minister Maximilian von Montgelas entzog 1806 dem Stadtrat die Zuständigkeit für die städtischen Stiftungen und unterstellte sie gemeinsam mit den übrigen bayerischen Stiftungen einer zentralen staatlichen Stiftungsadministration.
Dieser Eingriff in das Stiftungswesen war für München besonders einschneidend. Übel aufgenommen wurde dabei die Auflösung von Stiftungen für stiftungsfremde Zwecke im Jahr 1808, als viele jahrhundertalte Stiftungen zur Ausstattung des neuen Allgemeinen Krankenhauses in München aufgehoben wurden.
1817, nach nur elf Jahren, erhielten die Kommunen die Verwaltung ihrer Stiftungen wieder zurück. 1837 wurde festgelegt, dass alle Neuerrichtungen von Stiftungen vom König genehmigt werden mussten.
